母舰作为舰队的核心作战单位，其指挥机制建立在增援指令与计划圈系统的协同运作基础上。由于母舰普遍存在指挥值占用高、移动速度缓慢的特点，直接编入主力舰队会显著降低战术灵活性。实际操作中，玩家应优先派遣高速侦查舰或小型舰队通过计划圈标记目标位置，待其抵达后，再通过增援功能调用母舰，该方式可突破常规指挥值限制，同时使母舰继承增援发起者的曲率航行速度（通常可达4500），大幅缩短部署时间。单次增援最多可调用5艘舰船，且需提前在基地完成母舰预制模组的生产准备以减少等待耗时。
母舰的移动速度是战术调度的关键制约因素，以太阳鲸级为例，其基础巡航速度仅为250，属于全游戏最低档位。针对这一特性，玩家需建立高效的曲率航行支持体系：首先由FG300侦察型护卫舰建立计划圈并抵达目标区域，激活曲率航行网络后，母舰便能以高速完成后续部署。CV3000级等移速稍快的母舰（400-500）可与巡洋舰组队，但需避免与ST59级战列巡洋舰等低速单位混编，否则将抵消其速度优势。撤退阶段则建议由工程舰护送母舰返回基地，避免单独航行暴露航线信息。
战术部署层面，母舰需根据型号特性匹配作战场景。太阳鲸级适合与大矛级战列巡洋舰组成重甲阵地战编队，依托其全游戏最高的血量和搭载量（魔改后最多13机9艇）实施持久作战；CV3000级则更适合搭配永恒风暴级等机动单位执行快速打击任务。盟战期间建议将母舰预置于前线基地附近待命，通过实时增援参与交战，避免长途跋涉遭遇伏击。维修保障方面需常备2-3艘专用工程舰，战后立即检查战报中的舰载机损耗情况，优先补充VB输出机和小米防空机等核心航空单元。
维护升级体系直接影响母舰的持续作战能力。建造环节建议选择安全时段挂载生产队列（单次建造耗时8-10小时），技术强化应优先提升舰载机冷却效率与伤害输出。太阳鲸级需额外关注舰船维护系统的升级，该模块可提供20%的舰载机入仓维修效能；CV3000级则应侧重信息无人机支援平台的开发，其提供的命中与闪避增益能显著提升编队整体作战效能。所有母舰均需定期更新导航系统与战斗模块软件，以保持战术系统的最新状态。
战略打击能力是母舰独有的高阶战术功能，该机制允许舰载机群执行多轮次轰炸任务。具体流程分为三个阶段：战机从母舰起飞抵达目标区域实施首轮打击；完成攻击后返回母舰进行弹药补给（护航艇无需此环节）；再次飞赴目标区域实施持续轰炸。此过程中，母舰本身需保持安全距离，依靠前排舰船构建防护屏障。玩家需注意，战略打击的效能直接取决于舰载机库存数量与质量，因此需在战前确保航空单元配置达到最优状态。
指挥系统的优化是发挥母舰效能的核心要素。分舰队功能的运用可有效缓解主基地指挥值压力，部署于前哨站的分舰队既能执行区域防守，又能作为母舰的快速响应支点。但需注意分舰队调动需消耗特殊指令策略值，且编成后不可分割使用，因此配置时需精确计算舰船组合比例。建议采用1母舰+2防空舰+3输出舰的基础模板，根据战场需求灵活调整护航艇与战机的搭载比例，最终形成攻防均衡的太空作战体系。
