红色眼球是一个关键道具，其获取方式与一周目有显著差异。玩家需先与屋内老奶奶对话，通过解开二楼密码门拿到信箱钥匙，钥匙藏在老爷爷的笔记本夹页中。拿到钥匙后打开门外信箱取得船票，将船票交给码头的老船长即可进入码头区域。与灯塔管理员对话后，需记住灯塔入口的密码（北南西东东北），通过整理线路解密点亮灯泡，使灯塔正常运作。随后返回码头，时光号大船会出现，红眼球就在船的最顶层容器中，靠近窗户的位置最为显眼。
红眼球的获取并非独立事件，而是与二周目新增的四个蓝色方块及红珠子解谜流程紧密相关。工厂09房间的开启方式与一周目不同，需根据外星人房间墙上的图案排列对应道具。在船上虎皮鱼容器中可发现红珠子，而神庙一层的密室需按特定顺序摆放蓝色方块（蓝色在红色前，灰色最后）才能进入。海边石像旁用铲子挖开可获得另一块蓝色石块，飞船驾驶室二层则藏有最后一块蓝色石块及红花道具。这些新增道具共同构成了二周目解谜的核心线索链。
完成基础道具收集后，需重点处理休眠舱密码谜题。该谜题需优先解决红色部分，再将蓝色模块移至左下角，最后处理绿色和黄色模块。在工厂09房间给石块镀金时，必须将红珠子放入装置并记录墙上人物动作顺序。前往工厂桥梁下方，将四块蓝色石块按初始画布新增的图案摆放，会出现老爷爷的全息投影。虽然对话未能揭示真相，但其最终动作顺序与神庙红珠子墙上的数字存在对应关系，这是破解最终谜题的关键。
最终阶段需回到火箭内部，按照一周目流程启动火箭。当防护罩出现时，根据老爷爷动作顺序与神庙红珠子对应的数字输入密码即可破开罩子。此过程中，漂流瓶内的数字也可能成为神庙密室的备用解谜方案。灯塔二层的红色箱子需用特定密码（如19581215）开启，获取船票后将其投入灯塔一层邮箱还可解锁隐藏成就。整个流程体现了二周目解谜的环环相扣特性，任何道具遗漏都可能导致关键步骤无法推进。
